Фамилия Муковнин хранит память о прозвище предка — Муковня. В основе лежит слово «мука», и почти наверняка прозвище относилось к «профессиональным»: так могли назвать мукомола, владельца мельницы или торговца мукой. Менее очевидный, но живой вариант — поварёнок, который готовил подливы и мучные заправки, такие люди звались муковниками.

Словообразовательная модель проста: к прозвищу Муковня добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин, и получилось «сын Муковни» — Муковнин. Модель с -ин характерна для фамилий, образованных от слов на -а/-я, и здесь она работает без натяжек.

Есть и вторая гипотеза, но она слабее. По ней прозвище указывало на место жительства: предок мог быть родом из деревни Муковня в Тарусском районе Калужской области. Версия правдоподобна только отчасти: деревня с таким названием действительно существует, но прозвища от названий мелких сёл давали реже, чем от занятий, поэтому версия с мукомолом или торговцем мукой выглядит убедительнее.

Любопытно, что фамилия не получила распространения — она редкая и почти не встречается за пределами центральной России. Это типично для «профессиональных» прозвищ, которые закреплялись за одной семьёй и не разрастались в массовые родовые имена, в отличие от фамилий от крестильных имён.

Итог простой: Муковнин — потомок человека, чьё ремесло или занятие было связано с мукой. Скорее всего, предок молол зерно, торговал мукой или стряпал мучные подливы, а прозвище перешло к детям и внукам как фамилия.