Фамилия Муковня звучит так, будто её носитель был тесно связан с мукой. И это действительно так, но с оговоркой: прозвище, от которого пошла фамилия, могло относиться не только к мельнику или пекарю, но и к человеку с определённым складом характера.

Корень здесь прозрачный — «мук-», от слова «мука». Модель образования указывает на украинское или южнорусское происхождение. Суффикс -ня в восточнославянских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и чаще закреплялся за прозвищами, обозначавшими профессию или характерное занятие. Муковня — это не «сын Муковни», а сам Муковня, то есть человек, которого так прозвали. Фамилия застыла в форме прозвища, без патронимического суффикса, что типично для украинской ономастики (сравните: Шевченко, Бондаренко, но и просто Паламар, Коваль). В русских говорах такие фамилии тоже встречаются, но реже и чаще на юге.

Что могло означать прозвище? Первая и самая очевидная версия: Муковня — тот, кто работает с мукой. Не обязательно владелец мельницы или булочник. В крестьянском быту так могли назвать человека, который отвечал за помол зерна в общине, или просто того, кто часто ходил на мельницу, возил туда зерно. Вторая, менее известная версия: в некоторых диалектах «муковня» — это не человек, а ёмкость или помещение для хранения муки (ларь, закром, чулан). В таком случае прозвище могли дать либо по месту жительства — «живущий у муковни», либо по профессии — тот, кто заведует этим хранилищем.

Третья, более редкая гипотеза, связывает фамилию не с мукой, а с глаголом «муковать» — в некоторых говорах так называли человека, который «мучит», то есть донимает или надоедает. Но это объяснение выглядит натянутым: основа «мук-» в значении «страдание» (мука) дала бы скорее фамилии вроде Муков или Муковец, а не Муковня. Прямая связь с продуктом питания надёжнее.

Географически фамилия Муковня тяготеет к Украине, особенно к центральным и восточным областям (Полтавщина, Черкащина, Сумщина), а также к югу России (Кубань, Ростовская область), куда в XIX–XX веках переселялись украинские крестьяне. Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если ваши предки — Муковни, скорее всего, они были выходцами из малороссийских губерний и занимались сельским хозяйством, скорее всего, выращивали и перерабатывали зерно.