Фамилия Муковнина образована от прозвища Муковня, и корень здесь очевиден — «мука». Чаще всего такое прозвище относилось к числу «профессиональных»: Муковней могли называть мукомола, то есть человека, который молол зерно, или торговца мукой. В старину прозвища по роду занятий были естественным способом отличить одного человека от другого, и потомки такого мастера со временем закрепили за собой фамилию Муковнина.

Но есть и второй, менее очевидный вариант. Словом «муковня» в некоторых говорах называли повара, который готовил подливы и соусы на основе муки — такие блюда были повседневной пищей, и их приготовление требовало сноровки. Так что предок-кулинар — вполне реальная версия происхождения прозвища.

Существует и третья гипотеза, но она заметно слабее. Согласно ей, прозвище Муковня указывало на место жительства: например, в Тарусском районе Калужской области есть деревня Муковня, и предок мог быть родом оттуда. Однако для фамилии, образованной по такой модели, чаще работают всё же прозвищные основы, а не топонимы, поэтому версия с ремеслом выглядит правдоподобнее.

Сама фамилия построена по классической русской модели: к основе Муковня добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность. То есть Муковнина буквально значит «дочь, жена или вдова Муковни». Такая форма — с суффиксом -ин, а не -ов, — характерна для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я, и встречается в северных и центральных русских говорах чаще, чем в южных.