Фамилия Муковлина — одна из тех, где географический акцент важнее морфологического разбора. На слух она кажется связанной с мукой или муковницей (мельничным ситом), но форма с суффиксом -ин указывает на притяжательное значение: «чей?» — Муковлин, то есть потомок человека по прозвищу или имени Муковля. Но такого имени в святцах нет, а прозвище Муковля, если и существовало, было бы крайне редким.

Куда надёжнее смотреть на регион бытования. Фамилия Муковлин (и её женская форма Муковлина) встречается почти исключительно на юге России и в украинских областях, особенно в Белгородской, Воронежской, Ростовской областях и на Кубани. Это типичная «южнорусская» фамилия с конечным -ин, которая могла возникнуть не от личного имени, а от названия населённого пункта. В тех краях есть несколько хуторов и сёл с основой Муков- (например, Муковня в бывшей Воронежской губернии). Переселенцы, получившие фамилию по месту выхода, становились Муковлиными — «те, кто из Муковли, с Муковни».

Вторая, более прямая версия — профессиональная. В русских говорах «муковня» или «муковница» — это не только сито, но и помещение для хранения муки, амбар. Человек, работавший на муковне, заведовавший складом муки, мог получить прозвище Муковня. От него и пошла фамилия Муковлин: суффикс -ин в этом случае значит «сын Муковни», то есть сын амбарщика или мельничного работника. Такая модель типична для прозвищ, обозначающих профессию через место действия: Пекарь → Пекарев, Мельник → Мельников, Муковня → Муковлин.

Ономастический словарь Б. Унбегауна фиксирует фамилию Муковлин как производную от прозвища, связанного с мукомольным делом. Словарь Веселовского не содержит упоминаний этой фамилии в допетровскую эпоху, что подтверждает её позднее, локальное происхождение — скорее всего, не раньше XVIII века, когда массово записывали крестьян и однодворцев южных окраин.

Таким образом, предки современных Муковлиных с высокой вероятностью жили в Черноземье или на Кубани и либо работали на мельничных складах, либо носили фамилию по названию родного хутора. В любом случае корень один — мука, а не что-то иное.