Фамилия Муковнины образована от личного прозвища Муковня, которое, в свою очередь, восходит к слову «мука». Это типичная модель для русских фамилий: сначала прозвище, затем, через несколько поколений, закрепление его за потомками в виде фамилии с суффиксом -ин (Муковня → Муковнин → Муковнины). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Муковни.

Скорее всего, прозвище Муковня относилось к числу «профессиональных». Так могли называть мукомола, владельца мельницы или торговца мукой. Впрочем, есть и другая, не менее любопытная версия: Муковней могли прозвать поваренка, который готовил подливы и соусы на основе муки — такие люди на Руси именовались муковниками. Обе гипотезы логичны, но первая выглядит убедительнее: прозвища по ремеслу чаще давались по основному занятию, а не по вспомогательной кухонной работе.

Существует и третья версия, менее правдоподобная, — о географическом происхождении. В Тарусском районе Калужской области есть деревня Муковня, и предок мог получить прозвище по месту жительства. Однако такая привязка встречается реже, чем профессиональные прозвища, поэтому относиться к ней стоит с осторожностью.

О точном времени и месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и Муковнины могли появиться независимо в разных регионах. Тем не менее, фамилия Муковнин — живой памятник славянской культуры, сохранивший в себе память о занятии, которое кормило предков.