Фамилия Муковнин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Скорее всего, прозвище Муковня восходит к слову «мука», т.е. Вероятно, это прозвище относилось к числу «профессиональных», т.е. Так, Муковней могли называть мукомола или торговца мукой. Кроме того, прозвище Муковня мог получить и поваренок, занимавшийся приготовлением подлив на основе муки — муковников. Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, это прозвище указывало на место жительства предка. Так, вполне возможно, что он был родом из деревни Муковня (Тарусский район Калужской области). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Муковня, со временем получил фамилию Муковнин. О точном месте и времени возникновения фамилии Муковнин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Муковнин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.