Фамилия Муковников — один из тех редких случаев, когда корень слова не вызывает споров, а суффикс указывает на конкретный социальный слой. В основе лежит слово «муковник». В диалектах и старых говорах так называли либо торговца мукой, либо человека, который ведал ссыпкой и хранением зерна на мельнице или в амбаре. То есть Муковников — это буквально «сын муковника», потомок того, кто кормился от мукомольного дела.

Суффикс -ов- здесь типичен для русских фамилий, образованных от названий профессий, прозвищ или личных имён. Модель простая: основа (муковник) плюс притяжательный суффикс (-ов) и окончание (-). Такие фамилии в основном закрепились в среде крестьян и посадских людей, реже — у однодворцев. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано, что косвенно подтверждает её «ремесленное» происхождение.

Интересно, что слово «муковник» не было повсеместным. В центральных губерниях чаще говорили «мучник» или «мукомол», откуда пошли фамилии Мучников и Мукомолов. Вариант с корнем «муков-» характерен для северных и северо-восточных говоров — Архангельской, Вологодской, Вятской губерний. Географическая привязка здесь даёт ключ: если ваши предки Муковниковы, есть большая вероятность, что их корни — из Русского Севера или Поволжья.

Сама фамилия редкая. В дореволюционных справочниках она почти не встречается среди купечества или духовенства, что говорит о её «низовой» природе. В советское время носители фамилии расселились шире, но концентрация до сих пор заметна в Кировской области и Пермском крае. Однокоренные фамилии — Муковнин, Муковников — встречаются ещё реже и, скорее всего, являются вариантами написания, возникшими из-за местного произношения или ошибок писцов.