Фамилия Муковникова восходит к прозвищу Муковник. Муковниками в Древней Руси называли соусы на основе муки. Следовательно, прозвище Муковник мог получить поваренок, занимавшийся приготовлением подлив, или любитель таких соусов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Муковник, со временем получил фамилию Муковникова.