Фамилия Муконяева — женская форма, а мужская, Муконяев, образована по редкой для русских фамилий модели. Суффикс -ев в данном случае присоединен к основе, оканчивающейся на -я, что само по себе необычно. Чаще всего фамилии на -ев образуются от основ на согласный или -й (Иванов, Андреев), а здесь мы видим «Муконя» + «ев». Это указывает на то, что исходное прозвище или имя, скорее всего, было заимствованным или диалектным, а его окончание воспринималось носителями как часть корня, которую не стали усекать.

Самая вероятная версия происхождения основы — от калмыцкого или монгольского имени Муконя (Мөкөн, Мөкөня). В калмыцкой ономастике распространены имена с корнем «мөкөн» — «вечный», «бессмертный», или же как вариант имени Мөнгөн — «серебряный». Фамилия Муконяев типична для астраханских калмыков и донских калмыков-казаков, которые в XIX веке активно получали русские фамилии через добавление суффиксов. География бытования фамилии подтверждает эту версию: основные кластеры — Калмыкия, Астраханская область, Волгоградская область, то есть регионы исторического проживания калмыков.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с тюркским словом «мукон» (муконь) — так в некоторых тюркских языках называли вид полыни или горькой травы. В этом случае прозвище Муконя могли дать человеку, жившему в полынной степи, или же с горьким, «полынным» характером. Однако тюркские прозвища на -я с последующей русификацией через -ев встречаются реже, чем калмыцкие антропонимы, и для фамилии Муконяев калмыцкая версия выглядит убедительнее.

Встречается и вариант написания с одной «н» — Мукояев, но он еще более редок. Фамилия Муконяева — яркий пример того, как русская словообразовательная модель (суффикс -ев) наложилась на нерусскую основу, создав фамилию, которая звучит по-русски, но хранит память о степных корнях и кочевой культуре предков.