Фамилия Муканяева — редкий пример форманта -аев, присоединённого к основе, которая сама по себе неочевидна. Суффикс -аев (фонетический вариант -ев после шипящих и некоторых других согласных) указывает на притяжательное значение: «чей?» — Муканяев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Муканяй. Сама основа, скорее всего, восходит к тюркскому мужскому имени Мукан, распространённому у многих народов (казахов, татар, башкир). В таком случае -яй — это ласкательный или уменьшительный аффикс: Муканяй — «маленький Мукан», «Муканчик». Фамилия образована по русской модели, но на базе нерусского имени — типичная ситуация для регионов, где происходила русификация фамилий в XIX–XX веках.

Географически фамилия тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и Челябинской области — зонам активного взаимодействия тюркского и славянского населения. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: возможно, от конкретного родоначальника в одном из сёл или аулов. Если исходить из имени Мукан, то его значение в разных тюркских языках варьируется: от «прочный», «крепкий» до «вечный» (в монгольском влиянии). Впрочем, не исключена и более прозаичная версия: Муканяй могло быть прозвищем, данным за какую-то черту характера или внешности, но письменных свидетельств об этом нет.

С точки зрения словообразования фамилия Муканяева стоит в одном ряду с такими как Муканов, Мукашев, Мукаев — все они образованы от однокоренных личных имён, но разными суффиксами. Интересно, что в фамилии сохранился редкий элемент -яй, который в русских фамилиях почти не встречается (сравните разве что с Коряй, Пыряй). Это делает её ценной для ономастов: она фиксирует живую народную форму имени, которая в официальных документах могла и не сохраниться. Носитель фамилии Муканяева может с высокой вероятностью считать своими предками тюркоязычных скотоводов или земледельцев южноуральских степей, принявших русскую фамилию при переписи или при переходе в православие.