Фамилия Муканина — редкий случай, когда суффикс не «выдаёт» географию, а скорее запутывает. Окончание -ин обычно указывает на принадлежность к отцу: чей сын? Муканин. Но основа «Мук-» в русских фамилиях нетипична. Если бы фамилия была Муканов, можно было бы говорить о тюркском корне (например, от имени Мукан). Но суффикс -ин чаще встречается в северорусских и центральных областях, где фамилии образовывали от прозвищ и имён на -а/-я. Значит, в основе лежало прозвище или неканоническое имя Мукана.

Самый прямой путь — от слова «мука». В южнорусских говорах «мукана» или «муканный» могли назвать человека, который вечно в муке — мельника, пекаря, ссыпщика зерна. В фамилиях на -ин прозвище на -а не редкость: ср. Мельников и Мельканов, Пекарев и Пеканин. Муканин буквально — «сын Муканы», то есть потомок того, кого прозвали по роду занятий, связанному с мукой.

Есть и вторая версия, менее очевидная. В некоторых говорах «мукать» означало мычать, издавать невнятные звуки. «Мукана» — прозвище неразговорчивого или косноязычного человека. Эта гипотеза слабее: слово «мукать» редкое, а фамилий, образованных от глаголов с суффиксом -ан, в русской ономастике мало. Первая версия — о мельнике или пекаре — выглядит правдоподобнее и проще.

В отличие от фамилий Муканов или Мукаев, которые встречаются у татар и башкир, Муканина — русская по модели образования. Она не могла возникнуть в среде, где преобладали фамилии на -ов/-ев. Встречается она эпизодически, без выраженного «гнезда» в одном регионе, что говорит о позднем закреплении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам. Никаких известных носителей, которые бы вошли в историю, под этой фамилией нет — это рядовая, но нестандартная по форме русская фамилия, сохранившая память о предке, чья жизнь была связана с мукой.