Фамилия Муканский — одна из тех, чья основа вызывает споры. В ней легко увидеть географический оттенок: суффикс -ский в русских фамилиях чаще всего указывает на происхождение от названия места, будь то село, город или река. Однако топоним «Мукан» или «Муканск» на картах России и соседних стран не встречается (за исключением редких микротопонимов). Поэтому географическая версия, хотя и логична, не самая сильная.

Куда надёжнее выглядит версия от личного имени или прозвища. В основе фамилии может лежать тюркское имя Мукан — вариант имени Мухаммад (Магомед), распространённый у татар, башкир и народов Кавказа. В этом случае фамилия Муканский — русифицированная форма, образованная по модели «тюркское имя + -ский», что характерно для служилых татар, перешедших на русскую службу, или для крещёных инородцев, чьи потомки получали дворянство или духовное звание. Суффикс -ский в таких фамилиях часто придавал им «благородное» звучание, в отличие от простонародных -ов/-ев.

Есть и третья, более прозаичная версия: от прозвища Мукан. В русских говорах слово «мукать» означало «мычать», «издавать нечленораздельные звуки» — так могли прозвать неразговорчивого, медлительного человека. В этом случае фамилия Муканский — вторичная, возникшая из прозвища Мукан через прибавление суффинкса -ский, что для чисто русских прозвищных фамилий редкость (обычно это -ов). Поэтому тюркская версия предпочтительнее.

Фамилия редкая. Встречается в основном на юге России, в Поволжье и в Западной Сибири — в зонах активных русско-тюркских контактов. По сословной принадлежности предки Муканских могли быть как из служилых людей (однодворцы, казаки), так и из духовенства — семинаристы нередко получали фамилии на -ский от имён или прозвищ. Точных данных о дворянском происхождении нет.