Фамилия Мукосова (мужской вариант — Мукосов) образована от прозвища, связанного с мучным производством. В её основе лежит диалектное слово «мукосей» — тот, кто сеет муку, просеивает её через сито. В русских говорах так называли мельника, работника на мельнице или человека, занятого изготовлением муки. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Мукосов — сын или потомок Мукосея.

Встречается и альтернативная версия: от глагола «мукосить» — заниматься перетиркой зерна, но она менее убедительна, так как в памятниках письменности фиксируется именно прозвище Мукосей. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается крестьянин Мукосей, живший в XVI веке в новгородских землях. Это подтверждает, что фамилия — не поздняя книжная калька, а живое прозвище, закрепившееся в северо-западных регионах.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -ей дало основу, к которой добавили патронимический суффикс -ов. Интересно, что ударение в фамилии падает на второй слог (Мукосо́ва), что сближает её с формами от других прозвищ на -ей (например, Косо́в от Косей). Встречается вариант с ударением на первый слог, но он менее характерен.

Редкость фамилии объясняется узкой профессиональной нишей: мукосеи не составляли многочисленного сословия, а само прозвище не перешло в массовые крестильные имена. Сегодня носители фамилии рассеяны по разным регионам, но чаще встречаются в центральной России и Поволжье — в тех местах, где развивалось мукомольное дело.