Фамилия Мукожев — один из тех случаев, когда корень слова буквально рассказывает о занятии предка. Основа «мукож-» напрямую связана с мукой, а точнее — с её измельчением, помолом. В русских говорах «мукожа» или «мукожей» называли того, кто мелет муку, то есть мельника. Однако есть нюанс: в фамилии нет типичного суффикса профессий (-ник, -арь), зато есть суффикс -ев, указывающий на принадлежность. Мукожев — это буквально «сын Мукожа», где Мукож — прозвище, данное человеку по его ремеслу.

Интересно, что в отличие от более распространённой фамилии Мельников, которая тоже восходит к мельнику, Мукожев имеет более узкое и, возможно, диалектное происхождение. Слово «мукожа» фиксируется в северных и центральных русских говорах, особенно в костромских и вятских землях. Там мукомольное дело было развито, но называли работника не столько по мельнице, сколько по продукту — муке. Прозвище могло закрепиться за человеком, который постоянно возился с мукой, просеивал её, грузил, а не обязательно стоял у жерновов.

Модель образования простая: прозвище Мукож (с нулевым окончанием) плюс притяжательный суффикс -ев. Такая схема типична для русских фамилий, возникших от прозвищ на твёрдый согласный. Форма «Мукожев» говорит о том, что носитель фамилии — потомок человека, которого в деревне знали именно как Мукожа. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — посадскими людьми, занятыми в переработке зерна.

Отдельно стоит сказать, что фамилия редкая и не встречается в массовых списках дворянских родов. Географически она тяготеет к северо-востоку европейской части России: Вологодская, Кировская области, Удмуртия. Встречаются варианты написания с одной «ж» — Мукожев, но это скорее орфографическая случайность, а не отдельная ветвь. Никакой иной этимологии — от тюркских или финно-угорских корней — у этой фамилии нет, несмотря на её внешнюю необычность. Всё просто: предок молол муку.