Фамилия Мукуфа — редкая и нестандартная для русского уха. Её основа не вписывается в привычный ряд славянских корней, а само окончание на -а наводит на мысль о заимствовании или украинском/белорусском происхождении, где такая флексия встречается чаще. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому или кавказскому слову.

Наиболее вероятна связь с тюркским корнем «мукуф» или близким к нему «мукуфу». В ряде тюркских языков (например, в кумыкском или ногайском) существует слово «мукуфа» (или «мукув»), означающее «остановка», «преграда», «запруда». Прозвище Мукуфа могли дать человеку упрямому, медлительному или, наоборот, тому, кто жил у плотины или мельницы. Вторая версия, менее распространённая, — происхождение от арабского «мукуф» (в значении «задержка», «пауза»), которое через исламскую культуру могло попасть в ономастикон народов Кавказа и Поволжья.

Словообразовательная модель здесь проста: фамилия застыла в форме прозвища без добавления типичных русских суффиксов -ов/-ев или -ин. Это характерно для фамилий украинского, молдавского или тюркского происхождения, где основа не склонялась при переходе в фамилию. В русской традиции такая форма (Мукуфа) — калька с исходного тюркского слова, которая не подверглась русификации.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам России — Дагестану, Чечне, а также к Астраханской области и Ставрополью. Встречается она и у народов Северного Кавказа, где тюркские заимствования смешались с местными языками. В центральной России Мукуфа — единичные случаи, скорее всего, потомки переселенцев.

Из-за редкости фамилии её носители не образуют крупных родовых гнёзд. В дореволюционных переписях и метрических книгах эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении или о бытовании в среде, где фамилии оформлялись позже остальных сословий (например, у крестьян окраин империи). В современном мире Мукуфа остаётся штучной фамилией, и её обладатели, скорее всего, могут проследить свои корни до одного-двух предков, носивших это прозвище в XIX веке.