Фамилия Мулдабекова — женская форма, мужской вариант — Мулдабеков. Это типичная тюркская фамилия, образованная по русской модели с суффиксом -ов/-ев, который в XIX–XX веках добавили к восточным именам при официальной регистрации. Основа — составное мужское имя Мулдабек, распространённое у казахов, киргизов, каракалпаков и отчасти у татар и башкир.

Имя Мулдабек сложено из двух частей. Первая — «мулла» (от арабского «мауля» — господин, владыка), в тюркской среде означавшая грамотного человека, знатока Корана, духовное лицо. Вторая — «бек» (тюркское «бег» — князь, господин, предводитель). Получается имя-титул: «мулла-господин» или «бек-священнослужитель». Такие составные имена давали мальчикам в семьях, где ценили и религиозное образование, и знатное происхождение.

В отличие от многих русских фамилий, которые закрепились за крестьянами и мещанами, Мулдабековы чаще всего относились к сословию «ак-суйек» (белая кость) — потомственной знати или духовенству. Носитель имени Мулдабек мог быть внуком или правнуком муллы, который со временем получил административную власть: в кочевых обществах муллы нередко становились судьями (биями) или главами родов. Поэтому предки Мулдабековых, скорее всего, сочетали религиозный авторитет с мирским управлением.

Географически фамилия привязана к Южному Казахстану, особенно к Жамбылской и Туркестанской областям, а также к северным районам Киргизии (Чуйская долина). В дореволюционных метрических книгах и списках волостных управителей конца XIX века фамилия почти не встречается — её массово оформили только в 1920–1930-е годы при паспортизации, когда советская власть записывала всех подряд по отцовскому имени. До этого человека могли называть просто Мулдабек-улы (сын Мулдабека) или Мулдабек-кызы (дочь Мулдабека).

Ударение в фамилии обычно падает на последний слог — Мулдабекова, хотя в устной речи у казахов часто смещается на «а»: Мулдабекова. Вариант с буквой «ё» (Мулдабёкова) ошибочен — в оригинале «е» читается как мягкое «э», а не «ё».

Редкая деталь: в некоторых архивных записях XIX века встречается написание «Мулда-беков» через дефис — это указывает на то, что имя воспринималось как два отдельных слова, а фамилия только формировалась. Сегодня дефис исчез, и фамилия пишется слитно.