Фамилия Молдабекова ведет свое начало от двух слов: киргизского «молдо» и тюркского «бек». Первое в переводе на русский язык означает «грамотный человек». Обычно в азиатских странах молдо называли человека, который учился в мусульманской школе и овладел арабской грамотой. Слово «бек» имеет значение «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Поэтому фамилия Молдабекова в буквальном смысле означает «грамотный господин». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Молдабековых можно лишь на основании генеалогических исследований.