Фамилия Мулдаров звучит на русский слух непривычно, и это прямой ключ к её происхождению: она явно тюркская. Её основа — слово «мулда» или «мулда́», которое в ряде тюркских языков, особенно в казахском, башкирском и татарском, означает «глубокий» или «глубина». Реже встречается значение «пучина», «омут». Вероятнее всего, прозвище Мулда (или Мулдар) давали человеку, жившему у глубокого места на реке, у омута или просто в низине, в ложбине. В переносном смысле так могли назвать молчуна или человека с глубоким, неспокойным внутренним миром — «глубокого» по характеру.

Модель образования фамилии проста: к тюркской основе Мулдар (а варианты с конечным -р встречаются в диалектах) прибавлен русский патронимический суффикс -ов. Это типичная история для фамилий народов Поволжья, Урала и Казахстана, которые в XIX—XX веках получали русское оформление. По сути, Мулдаров — это «сын Мулдара» или «потомок Мулда». Западные ономасты, в частности Б. Унбегаун, не раз отмечали, что подобные гибридные формы — главный признак адаптации нерусских имен в русской среде.

Интересная деталь: в отличие от многих тюркских фамилий на -ов, здесь нет суффикса принадлежности -лы/-ли, который часто встречается в исходных прозвищах. Основа Мулдар могла быть и самостоятельным именем-пожеланием, но для этого нет убедительных исторических свидетельств. Правдоподобнее версия с прозвищем по месту жительства или по особенности характера.

Географически фамилия Мулдаров чаще всего встречается в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области и в Казахстане. Сословного барьера у неё не было: среди носителей могли быть и крестьяне, и казаки, и мелкие торговцы. Никаких дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано, что лишний раз подтверждает её народное, прозвищное происхождение.