Фамилия Мулдарова — женская форма фамилии Мулдаров, и её происхождение тесно связано с тюркскими языками, в первую очередь с башкирским, татарским и казахским. Основа фамилии — личное имя или прозвище Мулдар. В тюркской ономастике корень «мулда» почти всегда восходит к арабскому слову «мулла» (от араб. «мауля» — господин, владыка), которое через исламскую культуру вошло в обиход многих народов. Муллой называли мусульманского священнослужителя, грамотея, знатока Корана, а иногда и просто уважаемого, учёного человека. Суффикс «-ар» в имени Мулдар мог выполнять усилительную или ласкательную функцию, а мог и указывать на принадлежность — «сын муллы» или «подобный мулле».

Модель образования фамилии через суффикс «-ов/-ева» типична для русской традиции оформления фамилий у тюркских народов, особенно в XIX–XX веках, когда в документах (метриках, переписях) имена и прозвища русифицировали. Так, Мулдаров буквально означает «из рода Мулдара». Если предок носителя фамилии был муллой, то его потомки могли получить фамилию как маркер социального статуса или профессии. Встречается и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «мулда» — «глупец» или «болван» в некоторых тюркских говорах. Однако в контексте фамилий тюркского происхождения религиозно-уважительная трактовка выглядит намного убедительнее.

Географически фамилия Мулдарова распространена в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях, а также среди казахов. Встречаются варианты написания: Мулдаров, Мулдарова (женская форма), а также Мулдарян или Мулдаровский, если фамилия была адаптирована в других регионах. Однокоренные фамилии — Муллаев, Муллануров, Муллакаев — все они держатся на том же корне «мулла» и подтверждают общую линию: предки носителей этих фамилий, скорее всего, были связаны с исламским духовенством или образованием. В сословном плане фамилия не даёт прямых указаний на дворянство или крестьянство — в тюркской среде муллы могли происходить из самых разных слоёв, от зажиточных до бедных.