Фамилия Муллаханова — женская форма фамилии Муллаханов. Её основа составная: «мулла» и «хан». Мулла — религиозный титул у мусульман (знаток Корана, служитель культа, учитель). Хан — тюркский титул правителя, князя, военного вождя. Соединение этих двух слов в одном имени или прозвище — явление, характерное для тюрко-мусульманской среды Средней Азии, Поволжья и Кавказа. Чаще всего так называли человека, который сочетал духовный сан и знатное происхождение, либо же это было составное имя, данное в честь деда или святого.

Словообразовательная модель проста: к основе «Муллахан» прибавлен русский патронимический суффикс -ов (в женском роде — -а). Такая модель массово закреплялась в XIX — начале XX века, когда народы Российской империи получали фамилии по отцу или деду. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Муллахана». То есть предок носительницы фамилии, скорее всего, носил имя Муллахан, которое со временем стало фамильным.

Географически фамилия Муллахановы встречается прежде всего у татар, башкир, кумыков, а также у народов Дагестана. Встречаются варианты написания с одной «л» (Мулаханов) или с мягким знаком (Муллахановъ), но основной — двойное «л», передающее долготу гласной в арабском слове «мулла». В дореволюционных документах фамилию могли записывать через «ъ» на конце, что не меняло её значения.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Муллахановы — потомки людей, имевших отношение к мусульманскому духовенству или местной знати. Однако «хан» в составе фамилии не всегда означал реальное правление: в тюркских языках это слово могло использоваться как уважительное обращение, почти как «господин». Так что предок мог быть не ханом, а просто уважаемым муллой, которого в быту называли Муллахан — «господин мулла».

Встречается и редкая версия, что фамилия восходит не к личному имени, а к названию медресе или местности, но она слабо подтверждена. Основной путь — от составного имени-прозвища, которое в тюркской антропонимии давали детям в честь религиозных авторитетов.