Фамилия Муллахунова образована от личного имени Муллахун. Это составное имя, и его вторая часть — «хун» — переводится с иранского как «родник». Родник в мусульманской культуре — символ жизни, чистоты и благодати, поэтому имя могло нести пожелание живительной силы его носителю. Существует и другая гипотеза: компонент «хун» восходит к тюркскому слову «хан», то есть «правитель». В этом случае имя Муллахун осмысляется как «наставник-правитель» или «учитель-владыка».

Первая часть имени — «мулла» — происходит от арабского «мауля» и означает «господин», «наставник», «учёный человек». В дореволюционной России муллами называли не только служителей культа, но и вообще грамотных людей, знатоков Корана и письменности. Поэтому имя Муллахун могло отражать высокий социальный статус предка или надежду родителей на то, что сын станет уважаемым религиозным деятелем.

Сама фамилия закрепилась по классической для русской ономастики модели: к основе Муллахун добавили патронимический суффикс -ов, а затем родовое окончание -а. Такую форму фамилии чаще носили женщины, тогда как мужской вариант — Муллахунов. Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду: Муллахунова буквально означает «дочь или жена Муллахуна».

Процесс формирования фамилий у народов Поволжья, Урала и Средней Азии был длительным и неоднородным. Часто такие фамилии фиксировались в документах лишь в конце XIX — начале XX века, когда началась массовая паспортизация населения. Поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Муллахуновых можно лишь на основании генеалогических исследований, изучения метрических книг и ревизских сказок.

Стоит отметить, что фамилия Муллахунова встречается преимущественно в среде татар, башкир и других тюркоязычных народов, исповедующих ислам. География её бытования широка: от Казани и Уфы до Оренбуржья и Средней Азии. В каждом регионе имя могло приобретать местные оттенки произношения, но письменная форма закреплялась именно в таком виде.