Фамилия Муллахунова образована от имени Муллахун, которое состоит из двух частей. Вторая часть имени — «хун» — в переводе с иранского означает «родник». Однако существует гипотеза, что этот компонент восходит к тюркскому слову «хан» - «правитель». Таким образом, имя Муллахун можно перевести как «наставник-правитель». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Муллахуновых можно лишь на основании генеалогических исследований.