Фамилия Муллинов образована по модели, характерной для русских фамилий конца XVII–XIX веков: к основе добавили суффикс -ов, который указывал на принадлежность («чей?»). Основа здесь — Муллин. Но что скрывается за ней? В отличие от фамилий на -ин, где суффикс часто крепится к основе на -а/-я (Иван → Иванов, но Иванин — от женского имени или прозвища), Муллинов выглядит как вторичное образование. Скорее всего, сначала существовала фамилия Муллин, а от неё, по аналогии с другими фамилиями на -ов, появилась форма Муллинов. Это редкий случай, когда фамилия «дважды» получила патронимический суффикс.

Корень «мулл-» прозрачно отсылает к тюркскому слову «мулла» — мусульманский священнослужитель, знаток Корана. В татарской, башкирской, казахской среде муллой называли не только духовное лицо, но и грамотного человека, учителя. Поэтому предок-носитель фамилии мог быть либо самим муллой, либо его сыном, либо человеком, получившим прозвище за учёность или набожность. В русских документах XVI–XVII веков слово «мулла» встречается как прозвище для выходцев из татарской служилой среды.

Географически фамилия Муллинов тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам с давним татаро-башкирским населением. Встречается она и у русских, но в таких случаях, вероятно, отражает смешанные браки или крещение татар. Интересно, что фамилия Муллин (без суффикса -ов) распространена шире, а Муллинов — вариант, который могли дать при переходе из мусульманской среды в православную, когда требовалось оформить фамилию по русскому образцу. Есть и другая версия: основа могла восходить к арабскому имени Муллин (редкая форма от «муаллим» — учитель), но это менее вероятно, так как в антропонимии тюркских народов чаще фиксируется именно прозвищное «мулла».

Таким образом, фамилия Муллинов — это «двойной» патроним, указывающий на потомка человека, которого в окружении называли муллой. Носители этой фамилии, скорее всего, имеют корни в татарской или башкирской среде, а их предки были связаны с исламским образованием или духовенством.