Фамилия Муллина образована от мужского имени Мулла, а точнее — от той его формы, которая в русском обиходе звучала как Мулла. Само имя восходит к арабскому слову mella, что означает «господин», «владыка», «повелитель». Позже понятие «мулла» закрепилось за служителем мусульманского культа, но в качестве личного имени оно употреблялось и раньше, сохраняя за собой оттенок уважения и почтения к носителю.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Муллина — это «дочь или жена Муллы», а в более широком смысле — «из рода Муллы». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, прозвищ и названий занятий, и она же встречается у многих тюркских и арабо-мусульманских имён, адаптированных в русской среде. Примечательно, что ударение в фамилии обычно падает на первый слог, что тоже выдает её восточное происхождение: в русских фамилиях с суффиксом -ин ударение чаще смещается на окончание.

Процесс формирования фамилий у разных народов был длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Муллиных можно лишь на основании генеалогических исследований. Однако можно предположить, что фамилия закрепилась в тех регионах, где русское и тюркское население жило бок о бок, — в Поволжье, на Урале или в Сибири. Там имя Мулла, не будучи редкостью, естественным образом переходило в фамилии, и Муллины могли оказаться потомками как духовных лиц, так и просто людей, носивших это имя без связи с религиозным саном.

Стоит различать фамилию Муллина и однокоренные Муллин, Муллинов. Первая — чисто русская по форме, вторая встречается реже и чаще фиксируется у татар и башкир, где суффикс -ов присоединялся по иной традиции. В любом случае, за фамилией стоит не прозвище и не ремесло, а личное имя, которое когда-то давали ребёнку с пожеланием ему стать уважаемым человеком, «господином» в своём доме и общине.