Муля — это уменьшительная форма крестильных мужских имен Самуил, что в переводе с еврейского означает «услышанный Богом, испрошенный у Бога» и Моисей, что в переводе с египетского означает «извлеченный, взятый из воды». Скорее всего, основатель рода Мулиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Муля, со временем получил фамилию Мулина.