Фамилия Мулюкина образована от восточного женского имени Мулюка, которое в переводе с тюркского означает «правительница», «царица». Такие фамилии возникали, когда женщина становилась главой семьи в случае вдовства, тяжёлой болезни мужа или во время его отсутствия дома (например, из-за длительной службы в армии). Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Мулюкиных можно лишь на основании генеалогических исследований.