Фамилия Мунтайкин — редкая, с неочевидной основой, и её разбор упирается в проблему: что скрывается за корнем «мунтай»? Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Мунтайкин — «сын Мунтайки» или «человек из семьи Мунтайкиных». Основа, скорее всего, прозвищная или диалектная, и здесь возможны две версии.

Первая и самая правдоподобная — связь с тюркскими языками. В казахском, башкирском, татарском слово «мун» или «мон» означает «печаль», «тоска», «душевное страдание». Суффикс -тай в тюркских именах и прозвищах — уменьшительно-ласкательный (сравните: Ахмет — Ахметтай, Куан — Куантай). «Мунтай» могло быть личным именем-пожеланием со значением «печальный», «задумчивый» или даже оберегом от злых сил (назовут печальным — вырастет счастливым). В таком случае фамилия Мунтайкин — русифицированная форма тюркского имени Мунтай, распространённая на территориях, где русские и тюркские народы жили рядом: Поволжье, Урал, юг Сибири. Суффиксальное оформление -ин вместо -ов здесь закономерно: многие фамилии от тюркских имён, оканчивающихся на согласный или -й, получали -ин (например, Ахметкин, Назаркин).

Вторая версия — от русского диалектного слова. В некоторых говорах, особенно на севере и в Сибири, «мунтай» могло означать «неуклюжий человек», «увалень» или «тихоня». Подтверждений в крупных словарях русских говоров (вроде словаря Даля) нет, но в региональной лексике такие формы встречаются. Если это так, прозвище Мунтайка дали человеку по характеру или поведению, а потом оно закрепилось как фамилия. Однако эта версия слабее: отсутствие фиксации в диалектных источниках делает её предположительной, тогда как тюркская модель образования имени Мунтай хорошо документирована.

В любом случае, фамилия Мунтайкин — результат этнического и языкового контакта. Её носители, скорее всего, крестьяне или служилые люди из регионов, где русские переселенцы смешивались с коренным тюркским населением. Сословно фамилия не элитарная: -ин в фамилиях изначально был суффиксом простонародным, в отличие от дворянского -ов. Встречается она крайне редко, в основном в Республике Башкортостан, Оренбургской области и на Алтае. Никаких знаменитых носителей в истории зафиксировано не было — фамилия осталась в тени больших родов, что только подтверждает её локальное, бытовое происхождение.