Фамилия Муратханов восходит к мусульманскому имени Муратхан, которое состоит из двух частей: Мурат и Хан. Первая из них — Мурат - является татарским вариантом арабского имени Мурад и в переводе на русский язык означает «желанный». Вторая — Хан - образована от тюркских «хаган, хакан, каган» ― «властитель, монарх». Первоначально «хан» обозначал вождя племени (например, у кочевников Ирана и Афганистана). Скорее всего, основатель рода Муратхановых был долгожданным ребенком в семье. Кроме того, вполне вероятно, что родители, нарекая своего сына таким именем, желали ему стать высокопоставленным, уважаемым человеком.