Фамилия Муратханов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Муратханов уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Муратханов являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Муратханов восходит к мусульманскому имени Муратхан, которое состоит из двух частей: Мурат и Хан. Первая из них — Мурат - является татарским вариантом арабского имени Мурад и в переводе на русский язык означает «желанный». Вторая — Хан - образована от тюркских «хаган, хакан, каган» ― «властитель, монарх». Первоначально «хан» обозначал вождя племени (например, у кочевников Ирана и Афганистана). Скорее всего, основатель рода Муратхановых был долгожданным ребенком в семье. Кроме того, вполне вероятно, что родители, нарекая своего сына таким именем, желали ему стать высокопоставленным, уважаемым человеком. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Муратханов способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Муратханов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.