Фамилия Мурахтанов образована от имени Мурахтан, которое, вероятно, является искаженной формой мусульманского мужского имени Муратхан, изменившего свой состав под влиянием определенных русских говоров. Это имя впервые появилось в России в областях, исповедующих ислам — современные Татарстан, Узбекистан, Башкортостан, часть Кавказа и так далее в те времена, когда в этих областях уже стали широко применяться русские фамильные окончания. Имя Муратхан, как и многие восточные имена, состоит из двух частей. Первая из них восходит к имени Мурат, которое в переводе с арабского означает «цель, намерение, желание; желанный». Таким образом, буквально имя Муратхан переводится как «цель хана». Таким образом, потомок человека, которого звали Мурахтан, со временем получил фамилию Мурахтанов.