Фамилия Мурахтина — женская форма фамилии Мурахтин, и разбирать её стоит через мужской вариант. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Мурахта. Слово «мурахта» в русских говорах имеет два основных значения, и оба могли дать фамилию.

Первое и самое вероятное: мурахта — это «муравей», причём в северных и сибирских диалектах. Человек мог получить прозвище Мурахта за мелкое телосложение, суетливость, трудолюбие или, наоборот, за назойливость — как муравей. Второе значение, зафиксированное в словаре Даля для вологодских и архангельских говоров, — «мямля, вялый, нерасторопный человек». Здесь интересен контраст: один корень, а прозвище могло означать полную противоположность по характеру. Какое из значений сработало в конкретном роду — теперь не узнать, но оба дают яркую характеристику предку.

Фамилия образована по продуктивной русской модели: основа «Мурахт-» + суффикс принадлежности -ин, который указывает на родство: «чей сын?» — Мурахтин, то есть сын или потомок Мурахты. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов мужского рода, оканчивающихся на -а/-я (как Пушкин, Ильин). Это одна из древнейших и самых распространённых моделей в северных и центральных регионах России.

Географически фамилия Мурахтин (и, соответственно, Мурахтина) привязана к Русскому Северу и Уралу. В переписных книгах и метриках XVII–XIX веков она встречается в Вологодской, Архангельской губерниях, а также в Пермском крае. Именно в этих местах слово «мурахта» в значении «муравей» было в ходу, и фамилия закрепилась как местная, не получив широкого распространения по всей стране.

Однокоренные фамилии — Муравьёв, Муравин, Мурашкин — более частотны и понятны, но Мурахтин стоит особняком благодаря диалектной основе. Сравнение с ними показывает, что фамилия сохранила именно локальное, народное произношение, не перейдя в литературную норму. Носительница фамилии Мурахтина может с высокой вероятностью проследить корни предков-крестьян или посадских людей из северных русских земель, где прозвища по насекомым и чертам характера были обычным делом.