Фамилия Мурахтовы хранит память о прозвище дальнего предка, и у этого прозвища есть как минимум два разных прочтения. Первая и самая распространённая версия ведёт род к мирскому имени Мурахта, которое происходит от украинского слова «мураха» — то есть «муравей». В древности имя, данное по животному, было не случайным: родители надеялись, что природа примет ребёнка как своего, а вместе с именем к нему перейдут и полезные качества избранного существа — трудолюбие, выносливость, умение сообща строить свой дом. Такой обережный смысл был типичен для славянских мирских имён, которые сосуществовали с крестильными и нередко полностью вытесняли их в быту.

Вторая гипотеза переводит прозвище в разряд профессиональных. Согласно ей, Мурахтой называли мастера, который делал муравленую, то есть покрытую глазурью, посуду. Термин действительно бытовал в гончарном деле, и слово «муравить» означало «покрывать поливой». Если принять эту версию, основатель рода Мурахтовых был ремесленником, чьё дело дало имя всей семье. Обе трактовки правдоподобны, но первая выглядит убедительнее: прозвища от названий животных у славян встречались заметно чаще, чем профессиональные именования от редких глагольных форм.

Сама фамилия построена по стандартной модели: к основе Мурахта добавили суффикс -ов, который закрепился в русских фамилиях как указание на принадлежность — «сын Мурахты». Это типичный путь для большинства славянских фамилий, оформившихся в XV–XVII веках, когда прозвища и мирские имена начали превращаться в наследственные родовые именования. Точное место и время возникновения фамилии Мурахтов установить сложно: процесс шёл постепенно и в разных землях неравномерно, а письменные источники по таким «незнатным» родам часто скудны или утрачены.

Любопытно, что у той же основы есть и другие фамилии, например Мурахтин. Это не ошибка и не вариант одной фамилии, а самостоятельное образование от той же основы с другим суффиксом — -ин, который также указывал на родство. Такое соседство лишний раз подтверждает, что прозвище Мурахта было в ходу у разных людей в разных местностях, и каждая ветвь закрепила его по-своему. В целом фамилия Мурахтовы — живой след народной культуры, где имя могло оберегать, описывать ремесло или просто отражать наблюдательность окружающих, подметивших сходство человека с муравьём.