Фамилия Мурахин образована от прозвища или нецерковного имени Мураха. В русских говорах словом «мураха» (или «мурашка») называли муравья. Прозвище могли дать человеку по черте характера или внешности: трудолюбивому и хлопотливому, как муравей, либо, напротив, мелкому и суетливому.

В основе фамилии — суффикс -ин, который в русской модели указывает на принадлежность: Мурахин буквально означает «сын Мурахи» или «человек из рода Мурахи». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у потомков людей с прозвищами на твёрдый согласный, -ин — столь же распространённый, но менее «дворянский» патроним.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «мураха» в значении «хмурый, угрюмый человек». В некоторых областях так называли брюзгу или ворчуна. Однако большинство ономастов склоняются к «муравьиной» этимологии — она прозрачнее и подтверждается обилием однокоренных фамилий: Муравьёв, Мурашов, Мурашкин.

Фамилия Мурахин встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также на Украине. Встречается и вариант написания с одной «х» — Мураин, но он редок. Ударение в фамилии устойчивое на втором слоге: Мура́хин.

Среди носителей фамилии нет широко известных исторических деятелей, зато она хорошо сохранилась в крестьянской и мещанской среде. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были свободными земледельцами или ремесленниками, а прозвище получили за свой нрав или род занятий — например, за скрупулёзный, «муравьиный» труд.