Фамилия Муратханова — характерный пример сложения тюркского имени с арабским титулом, которое в итоге превратилось в русскую фамилию. Основа — составное мужское имя Муратхан. Первая часть, Мурат (варианты Мурад, Мюрад), восходит к арабскому слову «мурад» — «желанный», «цель», «стремление». Вторая часть, «хан», — тюрко-монгольский титул верховного правителя, военачальника. В составе личного имени «хан» часто не указывал на реальную власть, а служил пожеланием благородства, силы или просто данью традиции: так образовывались составные имена (Ахметхан, Ильясхан, Магомедхан). Следовательно, Муратхан означает «желанный хан» или «правитель, к которому стремятся».

Фамилия Муратханова — это русская патронимическая форма через суффикс -ов, адаптированная по модели «чей?». В русском языке фамилии на -ов/-ев образуются от основ, оканчивающихся на согласный или -й, а на -ин — от основ на -а/-я. Здесь основа «Муратхан» твёрдая, поэтому добавляется -ов, а окончание -а указывает на женскую форму. Мужской вариант — Муратханов. Такая модель типична для фамилий народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии, которые вошли в русскую антропонимию в XIX–XX веках.

Географически фамилия Муратханова наиболее распространена в Дагестане, Чечне, Ингушетии, а также среди татар и башкир. Встречается она и в Казахстане, Узбекистане. Носители фамилии в России — это в основном потомки людей, носивших имя Муратхан, которое было дано ребёнку при рождении. Фамилию закрепили при советских паспортизациях 1920–1930-х годов, когда многих горцев и кочевников впервые записывали по отчеству или имени отца с русским суффиксом.

В отличие от фамилий, образованных от прозвищ или ремёсел, Муратханова — «именная», то есть напрямую ведёт родословную от конкретного предка. Если ваш предок носил имя Муратхан, то его дети и внуки получали фамилию по нему. Спорных версий происхождения здесь нет: арабская и тюркская этимология прозрачна, а русский суффикс — результат позднейшей бюрократической адаптации. Фамилия не имеет отношения к русским дворянским родам, но для многих семей она — единственная связь с доисламским и исламским прошлым, где имя несло смысл, а не просто звучало.