Фамилия Мураткина — женская форма фамилии Мураткин, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, от которого она образована. В основе лежит суффикс -ин, типичный для русских фамилий, указывающий на принадлежность: «чей?» — Мураткин, то есть сын или потомок Муратки. Сама основа «Муратк(а)» — это, скорее всего, уменьшительная форма от имени Мурат, которое имеет тюркское происхождение и означает «желанный», «цель» или «намерение». Имя это было распространено среди татар, башкир и других народов, но попало и в русскую среду через смешанные браки или заимствования.

Вероятно, первым носителем фамилии стал человек по имени Мурат, которого в быту звали уменьшительно-ласкательно Муратка. Со временем прозвище закрепилось за его детьми и внуками. В русских говорах встречается и слово «муратка» — так могли называть человека смуглого, темноволосого (от «мурый» — темный, бурый), или же это могло быть прозвище, данное по месту жительства, например, выходцу из местности с похожим названием. Однако связь с тюркским именем Мурат выглядит более прямой и правдоподобной, поскольку суффикс -к- в основе — типичный для уменьшительных форм имён.

Фамилия Мураткин не относится к числу дворянских или широко известных, но встречается в разных регионах России, особенно в Поволжье и на Урале, где исторически сильны тюркские влияния. В документах XIX века можно найти записи о крестьянах и мещанах с такой фамилией в Казанской, Симбирской и Вятской губерниях. Таким образом, предки современных Мураткиных, скорее всего, были простыми людьми — землепашцами или ремесленниками, а их фамилия хранит память о родоначальнике, носившем имя Мурат или прозвище Муратка.