Фамилия Муратков — одна из тех, что ставит перед исследователем выбор между тюркским и арабским корнем. Внешне она похожа на русскую патронимическую фамилию с суффиксом -ов, но основа здесь совсем не славянская.

Самая вероятная версия — происхождение от тюркского имени Мурат (вариант арабского Мурад, что значит «желанный», «цель», «стремление»). В татарской, башкирской, казахской и других тюркских средах имя Мурат было распространено широко. К нему добавился уменьшительный суффикс -к (Мурат + к), давший форму Мураток — «маленький Мурат», «сын Мурата». А затем русский патронимический суффикс -ов превратил это прозвище в фамилию: Муратков. То есть буквально «потомок того, кого звали Мураток».

Менее вероятна, но возможна связь с арабским словом «муракиб» — «наблюдатель», «надзиратель». Но фонетически переход от «муракиб» к «муратк» сложнее, и у тюркской версии больше сторонников среди ономастов, опирающихся на работы Никонова и Баскакова.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону и Северному Кавказу. У русских она редка, чаще встречается у татар, башкир, кумыков и ногайцев. Встречаются и варианты написания: Мурадков, Мураткин — но Муратков остаётся основной формой.

Социальный контекст: предки носителя фамилии, скорее всего, были незнатными людьми — крестьянами или служилыми татарами, которые после присоединения Казанского и Астраханского ханств получали русские фамилии по имени отца. Фамилия фиксирует не профессию, а имя родоначальника, что типично для восточно-славянской модели адаптации тюркских имён.