Фамилия Мурачкова — женская форма от Мурачков, и её происхождение стоит искать не в глаголе «мурачить» (обманывать), а в прозвище или имени, которое носил далёкий предок. Основа здесь — «Мурач» или «Мурачко». Скорее всего, это производное от крестильного имени Мур (сокращённая форма от Муромец, но не былинного богатыря, а от греческого «мурос» — мирра, благовонное масло) или от имени Мурат (арабское «желанный»), которое было распространено у татар и в южнорусских землях. Суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность: «чей сын?» — Мурачков, то есть потомок Мурача.

Если же отталкиваться от прозвища, «мурач» в некоторых говорах означало «ворчун» или «угрюмый человек». В таком случае фамилия образована по той же модели, что и Воробьёв от Воробей или Молчунов от Молчун — через прозвище, данное за характер. Однако вторая версия менее вероятна: прозвища на -ач обычно давали по действию (толкач, крикун), и «мурач» в этом ряду звучит нетипично.

Географически фамилия Мурачков (и Мурачкова) встречается в центральных областях России и на юге, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях. Там часто селились выходцы с Украины и из черноземных районов, где форма «Мурач» могла быть заимствована из украинского или польского языков (польск. «murać» — пачкать, грязнить, хотя это тоже спорно). В любом случае, фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская, и её носители в XIX веке числились в основном среди государственных крестьян.

Отдельно стоит отметить, что ударение в фамилии Мурачкова падает на второй слог (Мура́чкова), что отличает её от редкого варианта Мурачко́ва, который мог бы указывать на топоним. Но в данном случае это именно патроним, образованный от мужского прозвища или имени.