Фамилия Мурачев (и её вариант Мурачёв) напрямую связана с прозвищем Мурач. В основе лежит украинское слово «мураха» или диалектное русское «мураш» — муравей. Такое прозвище в старину давали человеку маленького роста, юркому и хлопотливому, либо, по народной традиции, нарекали младенца именем животного или насекомого, чтобы природа приняла ребёнка как своего и передала ему полезные качества — трудолюбие и выносливость. Эта обережная практика была широко распространена у славян, поэтому версия о прозвище-талисмане выглядит вполне убедительной.

Существует и вторая гипотеза, которая переводит фамилию в разряд «профессиональных». Согласно ей, прозвище Мурач закрепилось за мастером, делавшим муравленую, то есть обливную глазурованную посуду. Такая керамика была известна на Руси с древности, и ремесленники, владевшие техникой поливы, ценились. В этом случае фамилия Мурачев — не про насекомое, а про род занятий предка, что тоже вполне логично.

Обе версии имеют право на существование, но первая — от прозвища по сходству с муравьём — представляется более естественной для народной ономастики. Прозвища от названий животных, птиц и насекомых встречаются в русских фамилиях повсеместно, тогда как связка «мурач — муравленый» требует дополнительного лингвистического допущения, хотя и не исключена.

Сама фамилия сформировалась по стандартной для русского языка модели: к прозвищу Мурач добавили притяжательный суффикс -ев, который указывал на принадлежность потомку человека с таким прозвищем. Уже в XV–XVI веках, когда фамилии начали закрепляться и передаваться из поколения в поколение, потомки Мурача получили отчество-фамилию Мурачев, то есть «сын Мурача». Написание через «ё» — Мурачёв — появилось позже и связано с особенностями русской орфографии, когда букву «ё» на письме часто заменяли на «е». Сегодня оба варианта существуют параллельно, и оба восходят к одному корню.