Фамилия Мурачинская — женская форма от Мурачинский, и её разумно начинать разбирать с суффикса. Окончание -ский (в женском роде -ская) указывает на польское или западнорусское происхождение. В дворянской среде Речи Посполитой такие фамилии часто образовывались от названий имений: владелец поместья Мурачино или Мурачин становился Мурачинским. Но это не единственный путь — суффикс -ский мог присваиваться и крестьянам, переселенным в новое село, и священникам при поступлении в семинарию.

Корень «Мурач-» почти наверняка восходит к прозвищу или имени Мурач. В старых русских говорах «мурач» — это муравей, а в южнославянских языках то же слово означало «темный», «смуглый» (сравните сербское «мура» — мрак). Поэтому основа могла быть и зооморфной (прозвище за трудолюбие или мелкую суетливость), и описательной (темноволосый человек). Вполне вероятно, что исходное прозвище Мурач дали человеку с очень смуглой кожей или черными волосами — в славянской среде такие прозвища были распространены.

Географическая привязка фамилии — западные регионы бывшей Российской империи. В польских и украинских землях топонимы с корнем «мур-» (от «мур» — стена, крепость) встречаются нередко, но форма «Мурач-» скорее указывает на Волынь, Подолье или южные районы Беларуси. В этих местах фамилия могла закрепиться за шляхтой, а затем перейти к крестьянам при отмене крепостного права, когда бывшим крепостным давали фамилию бывшего владельца.

Любопытно, что в отличие от массовых фамилий на -ин или -ов, Мурачинская сохраняет двойственность: её носительница могла быть как потомственной дворянкой, так и дочерью сельского священника или крестьянина, получившего фамилию по месту жительства. Спорных версий здесь немного — основная развилка между прозвищем «мурач» (муравей) и прозвищем «мурач» (темный). Первая версия более бытовая и могла возникнуть в любой среде, вторая — более вероятна, если фамилия зародилась на юге, где «мура» в значении «тьма» сохранилась в диалектах.

Если искать однокоренные фамилии, то Мурач, Мурачев, Мурачковский — все они ведут к той же основе, но с разными суффиксами. Мурачинская стоит особняком из-за «-ин-» в середине: это не просто «сын Мурача», а скорее «принадлежащий к Мурачину» — то есть связь с местом или родом здесь сильнее, чем с личным прозвищем.