Фамилия Мурачковская — женская форма фамилии Мурачковский, а та, в свою очередь, образована по типичной для польской, украинской и белорусской знати модели от названия места. Суффикс -ск-/-цк- указывает на дворянское или шляхетское происхождение: такую фамилию получал владелец имения или выходец из села с похожим названием. В основе лежит топоним вроде Мурачково, Мурачки или Мурачков. Такие села встречаются на территории современной Украины и Беларуси — например, Мурачково есть в Ровненской области.

Корень «Мурач-» скорее всего происходит от имени или прозвища Мурач. В славянской ономастике это уменьшительная форма от крестильного имени Мур (редкого, возможно, связанного с греческим «мур» — мирра) или от прозвища, данного человеку по цвету кожи или волос: «мурый» в диалектах означает «смуглый», «темный», «бурый». В украинском языке «мурач» также могло означать человека угрюмого, хмурого, «насупленного» — от слова «муркати» (ворчать, бурчать). Таким образом, первый носитель фамилии мог быть либо выходцем из села Мурачково, либо потомком человека по прозвищу Мурач.

Интересная деталь: фамилия Мурачковская — не массовая, она тяготеет к западнорусским и украинским землям, где приставка -ский/-цкий была характерна для шляхты, но со временем распространилась и среди крестьян. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые давались по отцу, фамилии на -ский чаще закреплялись за целым родом или указывали на владение землей. Поэтому предки Мурачковских могли быть мелкими землевладельцами или священниками в Волынской, Киевской или Подольской губерниях.

В современной России фамилия встречается редко, что подтверждает её западное происхождение. Есть вероятность, что ударение в фамилии падает на второй слог — Мура́чковская, хотя в некоторых семьях произносят с ударением на «а»: Мурачко́вская. Оба варианта допустимы, но первый ближе к исходной польской модели фамилий на -ский.