Фамилия Марачкова — женская форма фамилии Марачков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужской основой. Самое прямое объяснение ведёт к прозвищу Марачик. В русских говорах слово «мараковать» имело два противоположных значения: «плохо понимать, быть несообразительным» и, наоборот, «уметь, мочь, быть сметливым». Прозвище Марачик могли дать человеку с трудностями в обучении, а могли и человеку с практической хваткой — всё зависело от интонации и контекста. Есть и третий, более прозаичный вариант: «марать» — пачкать, грязнить. Тогда Марачиком называли неопрятного, неряшливого человека.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Марачиков сын, со временем превратившийся в Марачкова. При этом исходное прозвище Марачик дало форму Марачков, а не Марачиков — это результат естественного упрощения в живой речи, когда суффикс -ик оказался под ударением и редуцировался.

Существует и вторая версия, менее убедительная, но имеющая право на существование. Она связывает фамилию с белорусским словом «марац» — «март». В этом случае Марачик — это мирское имя, которое давали ребёнку, родившемуся в марте. Чередование ц/ч в корне (марац → Марачик) объясняется историческими фонетическими процессами. Однако эта гипотеза слабее первой: прозвища от названий месяцев в русской традиции встречаются, но обычно оформляются иначе (Мартов, Мартюков), а форма Марачик для «мартовского» выглядит натянутой.

География фамилии Марачкова неширокая. Встречается она преимущественно на юге России и в восточных областях Украины, что косвенно подтверждает связь с южнорусскими и украинскими говорами, где глагол «мараковать» был в ходу. Сословного барьера у фамилии не было: Марачковыми могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки — прозвище не несло социальной окраски.