Фамилия Мурдуговы — довольно редкая и с трудом поддаётся однозначной расшифровке. Её основа, «Мурдуг», не встречается в современных русских именах и нарицательной лексике, поэтому для объяснения приходится обращаться к диалектам и заимствованиям. Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими корнями, что типично для южнорусских и поволжских фамилий. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «мурт» или «мурду» может означать «хрупкий», «ломкий», «слабый», а также «непрочный» или «ветхий». Суффикс «-ук/-уг» в тюркских именах часто образует уменьшительные или прозвищные формы. Таким образом, «Мурдуг» могло быть прозвищем человека хрупкого телосложения, болезненного или, напротив, получившего такое имя в качестве охранительного — чтобы злые духи не позарились на ребёнка.

Менее распространённая, но допустимая версия — происхождение от иранского (осетинского) корня «мурд» — «смерть». В этом случае прозвище могло иметь мрачную, но нередкую в средневековье функцию: так называли ребёнка, родившегося в трудное время, или давали имя с негативным значением, чтобы обмануть нечистую силу. Однако тюркская этимология выглядит убедительнее, учитывая ареал бытования фамилии — её носители традиционно встречаются в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане, то есть в зоне активного тюркско-славянского контакта.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Мурдуг» добавили патронимический суффикс «-ов», указывающий на принадлежность к роду Мурдуга. Окончание «-ы» в форме множественного числа («Мурдуговы») типично для обозначения всей семьи или династии. Суффикс «-ов» здесь совершенно прозрачен и не несёт дополнительной смысловой нагрузки, в отличие от более редких формантов вроде «-их» или «-ский». Сословная принадлежность предков Мурдуговых не реконструируется: фамилия могла возникнуть и у государственных крестьян, и у однодворцев, и у казаков — в тех же оренбургских степях границы между сословиями были размытыми. Единственное, что можно утверждать с высокой вероятностью: предок, носивший прозвище Мурдуг, был человеком незнатным, поскольку фамилии на «-ов» от тюркских основ в дворянской среде почти не встречаются — знатные роды предпочитали фамилии на «-ский» или «-ич».