Фамилия Муртодин — одна из тех, где корень сразу бросается в глаза, но не даёт однозначного ответа. Основа «муртод» звучит непривычно для русского уха, и это первый ключ: скорее всего, перед нами фамилия с неславянским корнем, переоформленная по русской модели.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). В русской традиции такие фамилии обычно образовывали от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. Значит, исходное имя или прозвище звучало как Муртода. Но откуда взялось это «Муртода»?

Самая вероятная версия ведёт в тюркские языки. В них основа «мурт» (в разных диалектах — «мурт», «мурду», «муртод») может означать «упрямый», «своенравный», «непослушный» или «обидчивый». Прозвище Муртода могли дать человеку с крутым нравом, который трудно поддавался уговорам. В русской среде такое прозвище пришельца из тюркской среды или человека, получившего его за характер, вполне могло закрепиться и дать фамилию.

Вторая, менее распространённая версия, связывает фамилию с именем собственным. В некоторых тюркских языках встречается имя Муртада (от арабского «муртада» — «избранный», «довольный»). При переходе в русскую речь имя могло упроститься до Муртода, а затем фамилия Муртодин означала бы «сын Муртады». Эта версия слабее, потому что прямое имя Муртада в России фиксируется редко, а прозвищное происхождение для фамилий на -ин — более типично.

Географически фамилия Муртодин встречается в основном в Поволжье и на Урале — в регионах длительного контакта русского и тюркского населения (Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область). Это косвенно подтверждает тюркскую основу. Сословно носители фамилии в XIX веке скорее всего были государственными крестьянами или мещанами — типичная среда для прозвищных фамилий такого типа.

В написании фамилии нет вариантов с «двойной буквой» или «ять», она устойчива. Родственные фамилии — Муртазин (от имени Муртаза), Муртаев, Муртозин — встречаются чаще, что говорит о том, что Муртодин — более редкая, локальная ветвь того же корневого гнезда.