Фамилия Мурункина — женская форма, а её мужской вариант — Мурункин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Мурунка. Чтобы понять его значение, нужно разобрать слово «мурун». Это диалектное слово, распространённое в северных и уральских говорах. «Мурун» — это «нос», «рыло», «морда», причём часто с оттенком упитанности или курносости. В архангельских и вологодских говорах «мурун» могли назвать человека с толстым или приплюснутым носом, а в переносном смысле — ворчуна или угрюмого человека (от глагола «мурындить» — хмуриться, быть недовольным).

Фамилия образована по продуктивной модели: основа «Мурун» плюс уменьшительно-ласкательный суффикс «-к-» (Мурунка) и далее патронимический суффикс «-ин». Суффикс «-ин» в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей сын?» — «Мурункин», то есть сын Мурунки. Такая схема типична для прозвищных фамилий, которые закрепились в крестьянской среде в XVI–XVII веках. В отличие от фамилий на «-ов/-ев», которые чаще образовывались от полных имён и прозвищ, фамилии на «-ин» нередко фиксировали именно разговорную, «домашнюю» форму прозвища.

Географически фамилия Мурункин (и её женский вариант) тяготеет к Русскому Северу и Уралу. В переписных книгах и метрических записях Вятской, Пермской и Архангельской губерний можно встретить носителей этой фамилии. Это косвенно подтверждает связь с северными диалектами, где слово «мурун» было в ходу. Однокоренные фамилии — Мурунов, Мурунтаев, Мурундуков — встречаются реже, но все они восходят к тому же корню со значением «нос» или «морда».

Таким образом, фамилия Мурункина — это не украинская, не татарская и не дворянская фамилия, а исконно русское крестьянское прозвище, которое дали по характерной внешности (носатость или курносость) либо по угрюмому нраву. Носительница этой фамилии может с высокой вероятностью искать свои корни в северных областях России.