Фамилия Мурункины — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет ни привычного -ов, ни -ев, ни -ин, а значит, перед нами не патроним (не «чей-то сын»), а фамилия, образованная по другой модели. Суффикс -к- в основе «Мурунк-» указывает на то, что исходное слово — прозвище или имя, к которому добавили уменьшительный или уничижительный суффикс, а затем уже к этой форме прирастили фамильный -ин. То есть фамилия означает «принадлежащий Мурунке», а сам Мурунка — это человек, которого так прозвали.

Корень «мурун-» почти наверняка связан с диалектным глаголом «мурундить» или «мурындить» — в русских говорах это значит «ворчать», «брюзжать», «говорить невнятно, себе под нос». В рязанских, тамбовских и владимирских диалектах слово «мурун» (или «муруня») употреблялось для обозначения ворчливого, угрюмого человека, который постоянно недоволен. Прозвище Мурунка давали тому, кто отличался таким характером. Вторая версия, менее вероятная, — связь с тюркским «мурун» (нос, клюв, выступ), но в русской ономастике фамилии с таким корнем чаще всего бытовые, а не географические.

Фамилия Мурункины почти не встречается в центральных губерниях России, зато фиксируется на Русском Севере — в Архангельской и Вологодской областях, а также в Сибири, куда её могли занести переселенцы. Это характерно для фамилий, образованных от прозвищ с суффиксом -к-: они часто бытовали в крестьянской среде, где человека называли не по отцу, а по личной черте. Сословно — скорее всего, государственные или черносошные крестьяне, не дворяне.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Мурунов, Мурындин, Мурунтаев, — то Мурункины стоят особняком: у них нет суффикса -ов, а значит, фамилия закрепилась не от имени Мурун, а от уменьшительного Мурунка. В документах XVIII–XIX веков такие формы часто писались как Мурункиных, с окончанием родительного падежа множественного числа, что подтверждает родовое, а не личное происхождение.