Фамилия Мурынкина — женская форма мужской фамилии Мурынкин. В русской традиции такие фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывают на принадлежность: «чей?» — Мурынкин, то есть сын или потомок Мурынки.

Самая вероятная основа — прозвище или нецерковное имя Мурынка. В русских говорах, особенно вологодских и архангельских, «мурындать» означает ворчать, бормотать невнятно. «Мурынка» — человек, который постоянно что-то бурчит под нос, ворчун. Такие прозвища давали по заметной черте характера: незлобивому, но постоянно недовольному человеку. В ономастике это типичная модель: от прозвища на -ка (Мурынка) с помощью патронимического суффикса -ин образовывали фамилию.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «мурын» в значении «глиняный горшок» или «крынка». Тогда Мурынка — прозвище гончара или торговца посудой. Однако для этой версии нет устойчивого употребления в письменных источниках, в отличие от глагола «мурындать», который фиксируется в словарях народных говоров.

Фамилия редкая, географически привязана к северным и центральным областям России. Встречается в основном в Вологодской, Костромской и Кировской областях, что косвенно подтверждает севернорусское происхождение прозвищной основы.

Написание с двумя «н» — стандартное для фамилий на -ин: одна буква принадлежит суффиксу, вторая — корню (Мурын-к-а → Мурынк-ин). В дореволюционных метрических книгах можно встретить вариант «Мурынкиных» с окончанием -ых, характерным для фамилий северных крестьянских родов, но в современном написании закрепилась форма на -ин.