Фамилия Марынкина образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от личного имени через суффикс принадлежности -ин. В основе лежит имя Марынка — уменьшительно-ласкательная форма от женского имени Мария. Однако здесь есть тонкость: суффикс -к- в основе (Марынк-) указывает на то, что фамилия произошла не напрямую от полного имени, а от его обиходного, просторечного варианта, бытовавшего в крестьянской и мещанской среде.

В русских говорах форма «Марынка» встречалась как прозвище или домашнее имя. Иногда её путают с именем Марина, но это разные основы: Марина — от латинского marinus («морской»), а Мария — древнееврейского происхождения, со значением «горькая» или «желанная». Фонетически фамилия могла закрепиться и от мужского имени Марын (в документах XVI–XVII веков встречаются люди с именем Марьян, которое в народном произношении давало вариант Марын). В таком случае Марынкина — женская форма от фамилии Марынкин, то есть «жена или дочь Марынки».

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где аканье произносится мягче, а суффикс -к- в уменьшительных именах особенно активен. Встречается в Воронежской, Ростовской областях, на Кубани. В центральных регионах форма «Марынкина» менее типична: там чаще писали Марьин или Марьинкин.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии принадлежали к крестьянам или однодворцам. Фамилии на -ин в этой среде закреплялись за целыми семьями по имени главы двора. Если предок носил прозвище Марынка (например, за привычку поминать в речи Марию или за внешнее сходство с тёзкой), то его потомки автоматически получали фамилию Марынкины.

Спорных версий у этой фамилии почти нет. Редкий вариант — связь с диалектным словом «марынка» (так в некоторых говорах называли вид рыбы или растение), но эта гипотеза слабая: ни в одном словаре русских говоров такое значение не зафиксировано с устойчивой привязкой к фамилии. Самое правдоподобное объяснение — через имя, тем более что фамилия Марынкина органично вписывается в ряд однокоренных: Марьин, Марьинкин, Марьянов, Маринкин.