Фамилия Муржина — женская форма, образованная от мужской Муржин, которая принадлежит к распространённому типу русских фамилий на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Муржин означало «сын (или потомок) Муржи». Основа, скорее всего, происходит от прозвища или неканонического имени Муржа. В русских говорах слово «мурза» (татарского происхождения) означало знатного человека, князька, а также употреблялось как прозвище для важного, заносчивого человека. Фонетическое изменение «мурза» → «муржа» возможно под влиянием аканья или диалектных особенностей: в некоторых регионах «з» перед гласными могло переходить в «ж».

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с глаголом «мурзить» — хмуриться, быть недовольным, капризничать. В этом случае прозвище Муржа дали человеку с угрюмым или ворчливым характером. В пользу первой версии говорит то, что фамилии на -ин чаще образовывались от прозвищ, а не от глагольных форм, и следы татарского влияния в русских фамилиях Поволжья и южных областей хорошо известны.

Географически фамилия Муржина встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Ростовской областях и Краснодарском крае. Это указывает на то, что предки носителей фамилии могли быть крестьянами или однодворцами из чернозёмной полосы, где смешение славянских и тюркских элементов в языке и быту было обычным делом. В отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от церковных имён, Муржин сохранил связь с бытовым прозвищем, что делает его живым свидетельством неформальной, устной традиции именования в русской деревне.