Фамилия Мурженко звучит характерно для украинского запада, хотя встречается и в южнорусских областях. Её выдает суффикс -енко, который в XVI–XVII веках закрепился в Поднепровье как обозначение потомка («чей?» — Мурженко, то есть сын Муржи или Мурги). В отличие от великорусских -ов/-ев, эта модель долго оставалась патронимической, а не сословной: её носили и казаки, и крестьяне, и мещане.

Основа фамилии — прозвище Муржа. Его происхождение неочевидно, и тут стоит разобрать две версии. Первая: от глагола «мурзить» или «мургать» — в диалектах юго-запада это значило «хмуриться», «быть угрюмым» или «ворчать». Человека с вечно недовольным выражением лица могли прозвать Мургой, а в родительном падеже — Мурженко. Вторая, менее вероятная: искажённое «мурза» — татарский титул, который в русских говорах иногда переходил в прозвище. Но фонетика против: «мурза» дало бы Мурзенко, а не Мурженко. Звук «ж» указывает именно на местный глагольный корень.

В документах фамилия встречается с XIX века. По переписям, Мурженко концентрируются в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях — то есть на землях бывшей Гетманщины. Там же фиксируются однокоренные варианты: Мурга, Мурженков, Муржин. Все они восходят к одному прозвищному гнезду и не связаны с каким-то одним ремеслом или сословием. Скорее всего, первый носитель был просто человеком с характером — угрюмым или молчаливым, и это закрепилось за его потомками.

В современной России фамилия редкая. Её носители, если не знать истории, часто ошибочно приписывают ей польское или молдавское происхождение из-за суффикса, но на деле она чисто восточнославянская, хотя и с выраженным украинским отпечатком.