Фамилия Муржухин — редкая и с неочевидной на первый взгляд этимологией. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Муржуха — так могли в быту называть человека, который стал родоначальником фамилии. Формант -ух- в русских прозвищах и фамилиях (сравните: Ветлухин, Кривухин, Лепёхин) часто придаёт слову оттенок просторечия, грубоватости или указывает на физическую особенность. В данном случае основа «мурж-» ведёт нас к двум основным версиям.

Первая и самая вероятная — связь с диалектным словом «мурза». В южнорусских и поволжских говорах так называли грязнулю, человека с перепачканным лицом, а также того, кто ходит хмурым, насупленным. Слово восходит к тюркскому «мырза» (господин, князёк), но в народной среде переосмыслилось иронично: не важная особа, а чумазый или сердитый. Форма «Муржуха» — производная с тем же экспрессивным суффиксом, как и «грязнуха» от «грязный». Вторая версия, менее распространённая, выводит фамилию от «мурза» в значении «татарский дворянин», но тогда логичнее ждать фамилию Мурзин или Мурзаков. Суффикс -ух- скорее указывает на бытовое прозвище, а не на сословный статус.

Географически фамилия тяготеет к регионам бывшего Нижегородского и Казанского наместничеств, где русское население веками контактировало с тюркским. Встречается она и в мордовских краях. Это подтверждает, что прозвище родилось на стыке культур: тюркское слово прижилось в русской диалектной речи и дало жизнь фамилии по модели «прозвище на -уха + -ин». Носители Муржухины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилия не относится к дворянским, её нет в родословных книгах. Она осталась народной, что и делает её ценной для историка: за ней стоит не титул, а живая речь, меткое слово, данное человеку за внешность или характер.