Фамилия Мусакаев отвечает на вопрос «чей ты будешь?» — это классическая патронимическая модель, где суффикс «-ев» указывает на прямого потомка. В основе лежит мужское тюркское имя Мусакай, которое в кавказской среде получило широкое распространение. Само имя Мусакай — это уменьшительно-ласкательная форма от Муса, где тюркский суффикс «-кай» придает имени оттенок близости и уважения. Такой формант характерен для многих кавказских фамилий тюркского происхождения, он встречается в именах и прозвищах, которые затем закреплялись за целыми родами.

Имя Муса восходит к древнееврейскому Моисей, и через арабское посредничество оно вошло в мусульманскую традицию. В исламской среде имя Муса почитается, поскольку так зовут одного из великих пророков. Смысловая нагрузка имени, по одной из версий, сводится к значению «ребенок, сын», хотя в библейской традиции толкование имени Моисей связано с мотивом «извлеченный из воды». Для носителей фамилии важнее другое: имя Мусакай звучало как ласковое домашнее прозвище, которое давали мальчику в детстве, а когда он вырастал и обзаводился семьей, его дети уже носили отчество Мусакаевич, которое позже и закрепилось как фамилия.

В написании фамилии прослеживается региональный след. Форма Мусакаев с конечным «-ев», а не «-ов», типична для фамилий, возникших в среде, где основой служило имя, оканчивающееся на мягкий согласный или на «й». Здесь мы видим адаптацию тюркского имени под русскую патронимическую систему: Мусакай превратился в Мусакаев, как, например, Токай — в Токаев. Такие фамилии широко бытуют среди кумыков, чеченцев, ингушей и других народов Северного Кавказа, где имя Муса и его производные встречаются повсеместно.

Стоит упомянуть и редкую, но возможную версию, связывающую фамилию с прозвищным именем Мусакай, которое могло закрепиться за человеком не по имени, а по черте характера или роду занятий. Однако эта гипотеза менее убедительна: в подавляющем большинстве случаев в основе лежит именно личное имя. Потомок человека по имени Мусакай, вне зависимости от того, в каком ауле или селе он жил, со временем получал фамилию Мусакаев, и она передавалась из поколения в поколение, сохраняя память о родоначальнике.