Фамилия Мусакаев образована от мужского тюркского имени Мусакай. Разбираем это имя по составу: в его основе лежит широко известное на Востоке имя Муса — арабская и еврейская форма библейского Моисей. Добавление к нему уменьшительно-ласкательного суффикса «-кай» — характерная черта тюркских и кавказских имен. Этот суффикс придавал имени оттенок близости, уважения или ласки, поэтому Мусакаем могли называть старшего в роду, уважаемого человека или просто любимого сына.

В исламской традиции имя Муса почитается особо: пророк Муса — один из величайших посланников, поэтому имя было широко распространено у народов Кавказа и Поволжья. Вторая версия толкует значение имени Муса как «ребенок, сын», что также согласуется с логикой имянаречения, когда родители желали ребенку покровительства свыше.

Фамилия Мусакаев образована по классической модели с русским патронимическим суффиксом «-ев», который присоединялся к основам, оканчивающимся на согласный или «й». Таким образом, буквальное значение фамилии — «сын Мусакая», а точнее — потомок человека по имени Мусакай. Долгое время такие фамилии бытовали в устной форме, а окончательно закрепились в документах уже в XIX–XX веках, когда у горских народов началось массовое оформление родовых именований.

Интересно, что фамилия Мусакаев встречается у разных народов Кавказа — у чеченцев, ингушей, кумыков, — что лишний раз подтверждает общность культурных и языковых процессов в этом регионе. В зависимости от местного произношения могли возникать варианты написания, но смысл оставался неизменным: указание на родство с человеком, носившим почетное имя Мусакай.